赣州市军科职业技术学校对学生违纪行为的处理十分严肃。学校首先会进行调查，了解学生违纪的具体情况。依据违纪的严重程度，学校会采取相应的纪律处分，如警告、记过、留校察看等。同时，学校还会要求学生进行反思，并可能要求参加相关的教育学习活动。对于严重违规的学生，学校可能会与家长进行沟通并共同决定进一步的教育措施。学校致力于培养学生良好纪律性，确保教学秩序和校园环境。