萍乡市武功山中等专业学校在处理学生违纪行为时，首先会进行调查，了解事情的真相和原因。随后，学校会根据违纪行为的性质和严重程度，采取相应的纪律处分措施。这些措施可能包括警告、记过、留校察看、开除学籍等。同时，学校还会对学生进行思想教育，帮助他们认识到自己的错误，并引导他们改正错误。学校致力于营造一个良好的教育环境，确保每位学生都能得到良好的教育。